Иако је архивска грађа из периода после 1945. године обимна, сачуваност грађе појединих фондова, нарочито до 1953. године, није задовољавајућа. Као илустрација реченог може послужити пример фонда АЈ-50 Председништво владе ФНРЈ, у коме, поред осталог, недостају записници и материјали са седница владе.

С друге стране, фонд АЈ-507 Савез комуниста Југославије веома је добро сачуван за поменути период и представља значајну допуну, а често и основни извор за изучавање догађаја из југословенске историје после 1945. године.

Током НАТО бомбардовања, у ноћи 2/3. априла 1999, уништена је архивска грађа 5 фондова који су били дислоцирани у згради Савезног министарства унутрашњих послова (4 комплетно, а један делимично).

Стање фондова из овог периода у Архиву није задовољавајуће јер велики број фондова није архивистички обрађен, односно нису урађени инвентари. Ипак, истраживачима је омогућено њихово коришћење, јер за највећи број фондова постоје привремени сумарни пописи.